Opcije pristupačnosti Pristupačnost
Repozitorij
Anketa
Na ovoj stranici trenutno nije odabrana niti jedna anketa!
Biokemija
Šifra: 73987
ECTS: 4.0
Nositelji: izv. prof. dr. sc. Tatjana Gazivoda Kraljević
prof. dr. sc. Marijana Hranjec
doc. dr. sc. Dragana Vuk
Prijava ispita: Studomat
Opterećenje:

1. komponenta

Vrsta nastaveUkupno
Predavanja 30
Seminar 15
* Opterećenje je izraženo u školskim satima (1 školski sat = 45 minuta)
Opis predmeta:
CILJ KOLEGIJA:
Upoznavanje studenata s molekularnom logikom biokemijskih procesa u živom organizmu te dinamikom sinteze i razgradnje prirodnih biomakromolekula: proteina, polisaharida, lipida i nukleinskih kiselina. Studiraju se načela staničnog metabolizma i principi regulacije i kontrole.

IZVEDBENI PROGRAM KOLEGIJA:

1. TJEDAN
Uvod - Biokemija kao znanost, veza između prirodnih i biomedicinskih znanja,
proteini - raznolikost funkcija proteina i peptida, aminokiselinska građa proteina, peptidna veza, konformacija, dinamički aspekti strukture i funkcije proteina, temelji istraživanja i principi izolacije poteina.

2. TJEDAN
Proteini s posebnim funkcijama - hemoglobin, modelni globularni protein, interakcije hemoglobina s ligandima, struktura, funkcija i regulacija, alosterija kooperativno vezanje kisika, mioglobin.

3. TJEDAN
Razlike između monomera i tetramera. Fibrilarni proteini - kolagen, elastin.

4. TJEDAN
Enzimi i temelji enzimske katalize - regulacija aktivnosti metabolički važnih enzima - strategija i mehanizmi, alosterička regulacija aktivnosti enzima, aktivatori i inhibitori, koenzimi i prostetske skupine: struktura i funkcija, proteini koji se vežu za DNA.

5. TJEDAN
Stvaranje i pohrana metaboličke energije: metabolizam - osnovni pojmovi i svojstva. Metabolička razgradnja glukoze - tijek metaboličkog puta, kontrola i regulacija, alosterički regulirani enzimi, heksokinaza, fosfofruktokinaza, piruvat kinaza, stvaranje ATP, važnost oksidacije NADH i reakcija LDH.

6. TJEDAN
Glukoneogeneza - neugljikohidratne metaboličke preteče glukoze, razlike glikolize i glukoneogeneze, biotin i karboksilacije, uloga oksaloacetata, regulacija glikolize i glukoneogeneze je recipročna, Cori ciklus i iskorištavanje laktata, utrošak energije u glukoneogenezi, Metabolizam fruktoze i galaktoze.

7. TJEDAN
Oksidacijska dekarboksilacija piruvata, ciklus limunske kiseline. Stvaranje acetil-CoA iz piruvata, kompleks piruvat dehidrogenaze-koenzimi i prostetske skupine, sinteza citrata i pregled reakcija u ciklusu limunske kiseline, energijske promjene u rekcijama i kontrola odvijanja, ciklus je izvor biosintetskih preteča i energije za stanicu, anaplerotičke reakcije nadopunjavanja međuprodukata ciklusa.

8. TJEDAN
Stanična bioenergetika, ciklus ATP, respiratorni lanac i oksidacijska fosforilacija. Redoks potencijali i promjena slobodne energije, unutrašnja membrana mitohondrija i lokalizacija respiracijskih multienzimskih kompleksa, kaskadna oksidacija koenzima NADH i FADH2 kisik je krajnji akceptor H+ i elektrona, crpke protona i stvaranje gradijenta H+, veza s fosforilacijom i sintezom ATP, ATP sintaza-mehanizam i građa, energijska iskoristivost kompletne oksidacije glukoze, regulacija iksidativne fosforilacije.

9. TJEDAN
Put pentoza fosfata direktna oksidacija glukoze i nastajanje riboza-5- fosfata i NADPH. Transaldolaza i transketolaza povezuju put pentoza fosfata i glikolizu.

10. TJEDAN
Metabolizam glikogena: glikogeneza i glikogenoliza, tijek i hormonska regulacija. Fosforilaza i fosforolitička razgradnja glikogena, enzimi za skidanje ogranaka, Sinteza UDP-glukoze. Hormonska regulacija sinteze i razgradnje. Kaskada reakcija i kontrola fosforilacije enzima, cAMP. Metabolizam glikogena u jetri i kontrola koncentracije glukoze u krvi.

11. TJEDAN
Metabolizam masti: razgradnja triacilglicerola, b-oksidacija masnih kiselina, biosinteza masnih kiselina, biosinteza triacilglicerola.Urea ciklus i različiti načini izlučivanja dušika iz organizma, alaninski i glutaminski ciklus prijenosa dušika iz raznih tkiva u jetru, oksidacijska deaminacija glutamata, sinteza karbamoil fosfata i tijek urea ciklusa, kontrolni enzimi i utrošak energije u urea ciklusu, veza urea ciklusa i ciklusa limunske kiseline, mehanizam toksičnosti NH4+ iona u mozgu.

12. TJEDAN
Metabolizam aminokiselina. Razgradnja aminokiselina i ciklus ureje. Transaminacija i razgradnja aminokiselina, mehanizam reakcije i uloga piridoksal fosfata u transaminaciji aminokiselina, serin i treonin dehidrataze, sudbina C-atoma razgrađenih aminokiselina, C-3, C-4 i C-5 obitelji, razgradnja razgranatih aminokiselina, razgradnja aromatskih aminokiselina i sinteza adrenalina, ketogene aminokiseline, biosinteza neesencijalnih aminokiselina, serin, glicin.

13. TJEDAN
Nukleinske kiseline - građa, funkcija biosinteza i razgradnja.Struktura nukleotida, građa, biosinteza purinskih i pirimidinskih baza, sinteza deoksiribonukleotida, razgradnja purinskih baza i sinteza mokraćne kiseline, razgradnja pirimidina, osobine i replikacija DNA, građa i vrste RNA, sinteza proteina, tijek prijenosa genetičke informacije.

14. TJEDAN
Informacija u biološkim sustavima. DNA - genetička uloga, struktura, organizacija genoma, kromosomi i geni. Pakiranje DNA i histoni. Konformacije DNA. Replikacija DNA, vjernost replikacije. Greške u DNA i njihov popravak. RNA u stvaranju i translaciji genetičke poruke. Sinteza i modifikacije funkcionalnih RNA molekula: mRNA i transkripcija, t-RNA, aktivacija i uloga u sintezi proteina, građa ribosoma i rRNA.

15. TJEDAN
Genetička šifra i odnosi gena i proteina. Sinteza proteina. Kontrola ekspresije gena u prokariota: Lac-operon i Trp-operon. Kromosomi eukariota i kontrola ekspresije eukariotskih gena. Značenje introna i eksona.

RAZVIJANJE OPĆIH I SPECIFIČNIH KOMPETENCIJA STUDENATA:
Nakon odslušanog kolegija student stječe sposobnost kritičkog promišljnja o biokemijskim procesima i metaboličkim reakcijama u različitim organima i tkivima koji su važni za razumjevanje fizioloških i patoloških procesa.

OBAVEZE STUDENATA U NASTAVI I NAČINI NJIHOVA IZVRŠAVANJA:
Studenti su obavezni predati 2 zadaće putem e-učenja.

UVJETI ZA PRISTUPANJE ISPITU:
Predane 2 zadaće putem e-učenja.

NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE:
Predavanja (ex cathedra, ex camera).
Seminari (ex cathedra, ex camera).
Konzultacije prema dogovoru sa studentima.

NAČIN PROVJERE ZNANJA I POLAGANJA ISPITA:
3 obavezne pismene provjere znanja tijekom semestra (60% bodova na svakoj od provjera znanja donosi oslobađanje od usmenog ispita).
Pismeni ispit (potrebno 50% bodova za prolaz).
Usmeni ispit

NAČIN PRAĆENJA KVALITETE I USPJEŠNOSTI KOLEGIJA:
Studentska anketa.

METODIČKI PREDUVJETI:
Položeni ispiti iz predmeta 1. nastavne godine i Organske kemije I te odslušan kolegij Organska kemija II.

ISHODI UČENJA KOLEGIJA:
1. Objasniti i povezati biokemijske procese i metaboličke reakcije u različitim organima i tkivima
2. Interpretirati uvjetovanost trodimenzijske građe i biološke aktivnosti na primjeru proteina.
3. Diskutirati o stvaranju i pohrani metaboličke energije, te sveukupnoj strategiji metabolizma.
4. Definirati osnovne principe i važnost centralne dogme molekularne biologije te osnovne pojmove vezane uz nastajanje i strukturu nukleinskih kiselina u živim organizmima.
5. Objasniti mehanizme replikacije DNA, transkripcije DNA i translacije RNA.

ISHODI UČENJA NA RAZINI PROGRAMA:
1. rješavati kvalitativne i kvantitativne probleme primjenom prikladnih kemijskih principa i teorija
2. interpretirati kemijske informacije i podatke
3. pretraživati informacije dostupne na Internetu
4. primijeniti znanja u praksi, posebno u rješavanju problema na temelju kvalitativnih ili kvantitativnih informacija
5. pokazati sposobnost uključivanja u interdisciplinarni timski rad

NASTAVNE CJELINE S PRIPADAJUĆIM ISHODIMA UČENJA I KRITERIJIMA VREDNOVANJA:

Nastavna cjelina

1. Konformacija i dinamika. Uvjetovanost trodimenzijske građe i biološke aktivnosti na primjeru proteina. Mioglobin i hemoglobin. Enzimi. Kolagen i elastin.

Ishodi učenja:
- prepoznati vezu između prirodnih i biomedicinskih znanja
- usporediti raznolikost funkcija proteina i peptida
- odrediti aminokiselinsku građu proteina, peptidnu vezu, konformaciju, dinamičke aspekte strukture i funkcije proteina
- razlikovati proteine s posebnim funkcijama, hemoglobi, modelni globularni protein te interakcije hemoglobina s ligandima, i mioglobin
- razumjeti uvjetovanost građe i funkcije fibrilarnih proteina kolagena i elastina
- znati temelje enzimske katalize, alosteričku regulaciju aktivnosti enzima, aktivatore i inhibitore, koenzime i prostetske skupine

Kriteriji vrednovanja:
- znati napisati strukture svih 20 aminokiselina
- definirati građu složenih proteina, od primarne do kvaterne
- primijeniti znanje o strukturi i funkciji proteina na hemoglobin i mioglobin, te fibrilarne proteine kolagen i elastin, kao proteine s posebnim funkcijama
- poznavati regulaciju aktivnosti metabolički važnih enzima, koenzima i prostetskih skupina

2. Stvaranje i pohrana metaboličke energije. Sveukupna strategija metabolizma.

Ishodi učenja:
- objasniti osnovne pojmovei i svojstva metabolizma
- razumjeti metaboličku razgradnju glukoze - tijek metaboličkog puta, kontrolu i regulaciju, alosterički regulirane enzime, stvaranje ATP, važnost oksidacije NADH
- skicirati ciklus glukoneogeneze, ciklus limunske kiseline, Cori ciklus
- objasniti staničnu bioenergetiku, ciklus ATP, respiratorni lanac i oksidacijsku fosforilaciju, kaskadnu oksidaciju koenzima NADH i FADH2
- napisati osnovne stupnjeve metabolizma masti: razgradnju triacilglicerola i b-oksidaciju masnih kiselina
- usporediti u urea ciklusu različite načine izlučivanja dušika iz organizma, alaninski i glutaminski ciklus prijenosa dušika iz raznih tkiva u jetru, oksidacijsku deaminaciju glutamata, tijek urea ciklusa, te mehanizam toksičnosti NH4+ iona u mozgu

Kriteriji vrednovanja:
- uočavati razlike u stupnjevima pojedinih metaboličkih ciklusa
- poznavati zajedničke prekursore više ciklusa, te ulazne i izlazne komponente
- primijeniti znanje o sveukupnoj strategiji metabolizma na svaki pojedinačni ciklus

3. Centralna dogme molekularne biologije.

Ishodi učenja:
- definirati osnovne principe i važnost centralne dogme molekularne biologije
- objasniti nastajanje nukleinskih kiselina u živim organizmima
- definirati viših strukturnih oblika DNA kod prokariota i eukariota
- objasniti mehanizme replikacije DNA, transkripcije DNA i translacije RNA

Kriteriji vrednovanja:
- objasniti pojam i važnost centralne dogme molekularne biologije vlastitim riječima
- znati način na koji nastaju nukleinske kiseline u živim organizmima
- poznavati način nastajanja viših strukturnih oblika DNA kod prokariota i eukariota
- razumjeti mehanizme replikacije DNA, transkripcije DNA i translacije RNA
- uočiti razliku između replikacije DNA, transkripcije DNA i translacije RNA
Literatura:
  1. L. Stryer: Biokemija, Školska knjiga, Zagreb, 2013.
    J. M. Berg, J. L. Tymoczko, L. Stryer: Biochemistry, fifth edition, Freeman, New York, 2002.
    D. Voet, J. G. Voet, Biochemistry 3rd ed., J. Wiley & Sons, New York 2004.
    P. Karlson, Biokemija za studente kemije i veterine, Školska knjiga, 2004.
Preduvjeti za:
Upis predmeta :
Položen : Analitička kemija I
Položen : Anorganska kemija
Položen : Fizika II
Položen : Matematika II
Položen : Opća kemija
Položen : Organska kemija I
Položen : Osnove elektrotehnike
Položen : Osnove strojarstva
Položen : Primjena i programiranje računala
Odslušan : Organska kemija II

Polaganje predmeta :
Položen : Organska kemija II
5. semestar
Obavezni predmet - Redovni studij - Primijenjena kemija
Obavijesti

Kako je prethodno dogovoreno, predavanje će u petak 19.11. početi u 12,45h.

Poštovani studenti, drugi dio predavanja iz Bokemije počinje u petak 12.11. kontaktnim putem prema rasporedu u predavaonici S-1.

Rezultati 2. kolokvija i termin uvida u kolokvij objavljeni su u Teamsu.

Na Teamsu se nalazi raspored studenata i detaljnije upute vezane uz održavanje 2. kolokvija.

Poštovani student 2. dio predavanja počinje u utorak 3. studenog u 12,15 h prema rasporedu. Predavanje će se održati online putem Teamsa. U tim se možete prijaviti  s kodom w186ihp, gdje ćete naći i sve potrebne upute i materijale.

Predavanja iz Biokemije u ak. god. 2020./2021. počinju prema rasporedu 6.10.2020. i održavat će se online. Sve upute i nastavni materijali dostupni su na Merlinu.

T. Gazivoda Kraljević

S obzirom da se jučerašnji uvid u kolokvij nije održao, novi termin je danas 10. siječnja između 13 i 15 sati, ili prema dogovoru s nastavnikom.

2. kolokvij održati će se u četvrtak 20. prosinca od 13 do 15 sati, predavaonica MKM-20.

Usmeni ispit za studenticu Ivu Andrić održati će se 15.02.2018. u 14,00 h na 3. katu Zavoda za organsku kemiju.

Predavanja vezana uz treći dio kolegija nalaze se na stranici Merlin 2017/2018 u kolegiju Biokemija.

Predavanje iz Biokemije 02. studenog početi će u 13 sati, umjesto u 13,15. Predavanja se nalaze u repozitoriju.

Doc. dr. sc. Dragana Vuk

Predavanja iz Biokemije počinju 6.10.2016. prema rasporedu. Materijali za predavanje nalaze se u repozitoriju kolegija.

Doc. dr. sc. T. Gazivoda Kraljević

Predavanja iz Biokemije počinju 1. listopada 2015. prema rasporedu.

Doc. dr. sc. T. Gazivoda Kraljević

Na pismenom ispitu iz Biokemije  nitko od studenata nije zadovoljio.

Predmetni nastavnici

Doc.dr.sc. T. Gazivoda Kraljevic

Izv.prof.dr.sc. M. Hranjec

Na pismenom dijelu ispita iz Biokemije zadovoljile su studentice M. Guliš i I. Cazin i pozivaju se na usmeni dio ispita kod doc. dr. sc. T. Gazivoda Kraljević u petak 5.9.2014. u 9:30 h.

Predmetni nastavnici 

Doc. dr. sc. T. Gazivoda Kraljević 

Izv. prof. dr. sc. M. Hranjec

Na pismenom dijelu ispita iz Biokemije zadovoljila je studentica Jelena Perčić i poziva se na usmeni dio kod izv. prof. dr. sc. M. Hranjec u ponedjeljak 14.07.2014. u 9:30h.

Predmetni nastavnici

Doc. dr. sc. T. Gazivoda Kraljević

Izv. prof. dr. sc. M. Hranjec

Forum
Sortiraj prema: naslovu | vremenu zadnjeg odgovora | vremenu otvaranja teme
Naslov Odgovori Zadnji odg.
Česta pitanja