Fakultet kemijskog inženjerstva i tehnologije prepoznat je po svojoj predanosti znanstveno-istraživačkom i stručnom radu. Prema broju znanstvenih radova objavljenim u istaknutim međunarodnim časopisima (iz selekcije CC) fakultet zauzima jedno od vodećih mjesta na rang-listi Sveučilištu u Zagrebu.
Znanstveno-istraživački projekti (6 znanstvenih programa i ukupno 34 znanstvena projekta) izvode se uglavnom u području tehničkih znanosti, polje kemijsko inženjerstvo (23) i području prirodnih znanosti, polje kemija (8), odnosno fizika (1), što je sukladno osnovnim djelatnostima na FKIT-u. Svoju širinu Fakultet dokazuje i projektima iz područja biotehničkih znanosti, polje biotehnologija (1) te područja humanističkih znanosti, polje filologija (1). Dio projekata pripada temeljnim istraživanjima potaknutima stjecanjem novih znanja i jačanjem opće uloge znanosti u društvu. Drugi se projekti deklariraju kao primijenjena istraživanja usmjerena na razvoj novih proizvoda i tehnologija u skladu s temeljnim djelatnostima Fakulteta. Prioritetne teme istraživanje su: zaštita okoliša i gospodarenje okolišem; razvoj novih naprednih materijala i održivih tehnologija; energija, alternativni i obnovljivi izvori energije; razvoj novih lijekova; industrijske biotransformacije i ostale srodne teme.
Fakultet kemijskog inženjerstva i tehnologije uključen je i u realizaciju međunarodnih znanstvenih projekata, Velik dio aktivnosti FKIT-a odvija se i u okviru stručnih projekata.
Odrednice suvremenog znanstveno-istraživačkog rada su, između ostalog, multidisciplinarnost i poticanje suradnje, kako unutar institucije, tako i s drugima. Znanstveni projekti na FKIT-u mahom su udruženi u znanstvene programe. 29 od ukupno 34 projekta financirana od MZOŠ je u nekom od programa na Fakultetu kemijskog inženjerstva ili u programima nekog drugog fakulteta (Građevinski fakultet, Rudarsko geološko-naftni fakultet) ili instituta (Institut “Ruđer Bošković”, Institut za hrvatski jezik i jezikoslovlje). K tome, u programima na FKIT-u sudjeluju i projekti s drugih fakulteta i instituta (Kemijsko-tehnološki fakultet iz Splita, Prehrambeno biotehnološki fakultet, Tekstilno-tehnološki fakultet, Brodarski institut d.o.o., Fakultet strojarstva i brodogradnje). Samo 5 projekata FKIT-a odvija se samostalno.